超濾離心管通常不需要預處理即可使用，不過對于蛋白質樣本處理，特別是較稀的蛋白質溶液來說(<10ug/mL),用超濾膜濃縮回收率常常是不定量的。雖然PES材料使非特異吸附Z小化，但是,某些蛋白,特別是稀的時候,會有問題。非特異結合的程度隨著個別蛋白結構的不同而不同。含有帶電的或者疏水結構域的蛋白質更易于不可逆結合到不同表面。對超濾離心管表面做鈍化預處理可降低蛋白質在膜表面的吸附性損失，大多數情況下，在濃縮稀蛋白溶液之前預處理柱子可以提高回收率，因為溶液可填滿膜和表面暴露的空白蛋白吸附位點。鈍化的方法是預先用Z高容積的鈍化溶液預浸泡柱子1小時以上，蒸餾水*沖洗柱子，再用蒸餾水離心一次以*除去可能殘留在膜上的鈍化溶液。注意鈍化處理后別讓膜干了。如果要留待以后使用，需要加無菌蒸餾水保持膜濕潤。

　　超濾離心管通常不能消毒再次性使用。由于單管價格并不便宜，不少人嘗試重復使用，經驗是用蒸餾水清洗膜表面多次，離心一次到兩次，那種可以反向離心的小管子可以加蒸餾水浸泡后反向多離心一次，會好些。可重復用于同一樣品，不用時可用蒸餾水浸泡，但是要防止細菌污染。不同樣品就不要混用了。有人說泡在20%酒精、1N的NaOH（*）中，防止長菌，而且防干，只要超濾膜侵了水，就不可以再讓它干，但也有人說會破壞膜結構。反正廠家一般不支持重復用。多次重復使用會堵塞濾膜上的孔徑，甚至出現漏液現象，影響實驗結果。